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In questa serie vengono narrati gli avvenimenti occorsi durante la Quarta Guerra per il Sacro Graal nella città di Fuyuki. In questa guerra, sette maghi chiamati Master sono accompagnati da sette Spiriti di Eroi passati: i Servant. L'unico scopo è contendersi il Sacro Graal, che si dice possa esaudire un desiderio, qualunque esso sia, al vincitore. Gli Einzbern, fondati secoli prima dalle famiglie Einzbern, Matō e Tohsaka, dopo tre tentativi falliti desiderano a tutti i costi impadronirsi del Sacro Graal; decidono quindi di arruolare l'odiato magus killer, Kiritsugu Emiya, nonostante non siano ben visti i suoi discussi metodi d'azione e l'ormai consolidata reputazione di mercenario e assassino spietato: si dice che impieghi qualsiasi mezzo necessario per raggiungere i propri obbiettivi. Nonostante Kiritsugu abbia un tempo desiderato ardentemente di diventare un eroe in grado di salvare le persone, ha ora abbandonato i suoi ideali utopici, resosi conto che: "per salvare una vita, è necessario sacrificarne un'altra." Per il bene dell'umanità è disposto a distruggere ed uccidere senza pietà chiunque minacci la pace altrui. Tuttavia Kiritsugu si è presto trovato profondamente diviso fra l'amore che prova per la sua nuova famiglia - sua moglie Irisviel e sua figlia Ilyasviel - e ciò che deve fare per ottenere il Sacro Graal. Nel frattempo il più grande nemico di Kiritsugu compare nei panni di Kotomine Kirei, un prete in grado di provare piacere solo nella sofferenza altrui, ma che tuttavia ha trascorso la sua intera vita combattendo contro la sua mostruosa natura. Ha fin da subito puntato gli occhi su Kiritsugu giudicandolo spirito affine e possibile risposta al tormentante sentimento di vuoto che prova. La trama si sviluppa attraverso combattimenti cruenti così come introspezioni, colpi di scena e rivelazioni, giungendo infine a raccordarsi con gli eventi già noti narrati in Fate Stay Night.