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Questa nuova serie riparte da zero, ignorando gli eventi mostrati nella prima serie OAV e cambiando persino il background: la Seconda Sezione, istituita già da tempo, viene mostrata nel primo episodio all'arrivo dei nuovi modelli di labor e del nuovo pilota, Noa Izumi. Potendo contare su un maggiore numero di episodi rispetto ai precedenti OAV, la serie riesce a svilupparsi in modo efficace attraverso diverse sottotrame già presentate nel manga, aggiungendone perfino di nuove (come la vicenda del Phantom). Tutte le opere successive considereranno questa serie come il vero punto di partenza degli eventi di Patlabor, ignorando quelli avvenuti nella prima serie OAV, che di fatto costituisce una timeline e sé stante.