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La storia è ambientata in un presente alternativo ove il mondo è stato sconvolto dall'apparizione di mostri assimilabili ai draghi e dove alcuni individui, classificati come "D", nascono in possesso di poteri simili a quelli delle ostili creature. Tali D sono tutti di sesso femminile a parte l'unico caso del giovane Yuu Mononobe la cui esistenza viene tenuta segreta. Yuu viene poi instradato verso l'accademia Midgar dove le D vengono istruite; qui ritrova la sua sorellina Mitsuki e si imbatte in una ragazza (ignuda come mamma l'ha fatta) di nome Iris.