Corsi e ricorsiMahone e Michael sono ancora al telefono. Mahone riferisce a Michael che per riavere suo fratello deve consegnargli il denaro e la sua barca. Il ragazzo cede, ma un ragazzino, Chaco, che lo aveva avvicinato per vendergli della droga potrebbe essergli utile per il piano che ha in mente. Intanto a Chicago la situazione di Sara sembra migliorare, grazie all'intervento dell'ex Agente Kellerman. Questi infatti ha deciso di raccontare in tribunale tutta la cospirazione riguardo al caso Steadman/Burrows ed alla Compagnia. In questo modo Sara viene prosciolta da ogni accusa, ma è Kellerman ora ad essere arrestato. La testimonianza di Kellerman ha permesso anche di far cadere tutte le accuse contro Lincoln. E la principale preoccupazione di Sara ora è di avvertire Michael, così da non dover continuare ad attuare il suo piano. Durante il trasferimento in un penitenziario, il furgone su cui si trova Kellerman viene bloccato da due uomini incappucciati che sparano all'interno del furgone. Intanto Sucre, nonostante la gravità della sua ferita, decide di lasciare l'ospedale per ritrovare Bellick e farsi dire dove si trova Maricruz. L'uomo incrocia l'ex agente proprio mentre viene trasferito dalla caserma di polizia; Questi supplica di farlo uscire per rivelare la posizione esatta della compagna ma Sucre crolla a terra in mezzo alla strada esanime prima di raggiungere il veicolo. Sara, non riuscendo contattare né Lincoln né Michael, decide di recarsi a Panama di persona. Michael nel frattempo contatta alcuni trafficanti di droga amici di Chaco. Mahone ha informato Kim di avere in custodia i fratelli ricercati e l'uomo si mette subito in viaggio per raggiungerlo; L'agente rivela a Michael e Lincoln il suo piano di uccidere Kim e far ricadere la colpa su di loro. Ma Kim non arriva solo da Mahone e questi non riesce a raggiungere il suo scopo. Nasce quindi una sparatoria che permette ai due fratelli di fuggire con i soldi che Michael aveva precedentemente nascosto. Finalmente sono liberi e scappano nel bosco dove reincontrano Chaco, che nel frattempo aveva recuperato un'altra barca. Quando arrivano alla barca ad attenderli trovano, sorprendentemente, Sara che porta la bella notizia della tanto agognata libertà di Lincoln, grazie alla testimonianza di Kellerman, e degli sviluppi sul futuro proscioglimento dalle accuse di Michael. Mahone, fuggito con la barca di Michael, viene fermato ed arrestato dalla polizia locale dopo aver trovato della droga, nascostaci da Michael, nella barca. T-Bag accordatosi in precedenza con un uomo riguardo all'aiuto per la cattura dei fratelli Burrows, scopre che l'accordo fatto è saltato e si ritrova di nuovo in prigione senza possibilità di uscire. L'Agente Kim cerca di portare a termine il suo lavoro ed insegue Michael e Lincoln per ucciderli. Sara però fa fuoco sull'uomo, che nel frattempo aveva gettato la borsa con i soldi nel fiume, ed i tre sono costretti a fuggire nella foresta vicina a causa dell'arrivo delle forze dell'ordine. Mentre Lincoln riesce ad eludere gli agenti, Michael e Sara, rifugiatisi in una casa abbandonata, si sentono braccati. Michael allora si fa consegnare la pistola da Sara, assicurandole che, dicendo la verità agli agenti, tutto andrà per il meglio. Così, dopo essersi finalmente dichiarati apertamente il loro amore, escono fuori. Mahone, dalla stazione di polizia, chiama la moglie Pam, con la quale si era ripromesso di ricominciare una nuova vita, e le chiede di dimenticarsi per sempre di lui. Usciti dalla capanna, Michael inganna Sara, le punta una pistola alla tempia e finge di minacciare di ucciderla, accusandosi dell'assassinio di Kim. La polizia quindi arresta Michael con l'accusa di omicidio, mentre Sara lo implora di dire la verità. Michael viene trasportato nel "Carcere Federale di Sona", dove, all'ingresso, reincontra Mahone. Le guardie fanno entrare nel carcere Michael da solo. L'anziano uomo muto discute con un agente di come volessero Michael rinchiuso in quel carcere e di come pretendano una sua evasione. All'interno del carcere, Michael capisce che si tratta di un posto totalmente diverso dal penitenziario di Fox River, dove non sono presenti guardie ed i detenuti sono liberi di agire come credono. Disteso a terra, tremante e malconcio, Michael riconosce Bellick ma non ha la forza di proferire parola.